Liječenje autoimunih bolesti zahtijeva individualni pristup jer ne postoji univerzalna terapija koja djeluje kod svih bolesnika. Cilj liječenja je kontrolirati simptome, spriječiti napredovanje bolesti i poboljšati kvalitetu života.
Najčešće se koriste lijekovi koji smanjuju upalu i reguliraju rad imunološkog sustava. To uključuje nesteroidne protuupalne lijekove (NSAID), kortikosteroide, imunosupresive i biološku terapiju. Biološki lijekovi ciljano djeluju na specifične dijelove imunološkog odgovora i sve su češći izbor kod težih oblika bolesti.
Uz farmakološko liječenje, važna je i edukacija pacijenata. Razumijevanje vlastite bolesti pomaže u boljoj suradnji s liječnicima i donošenju informiranih odluka. Također, psihološka podrška, savjetovanje i sudjelovanje u grupama za samopomoć mogu imati pozitivan učinak na emocionalno stanje pacijenata.
Razvojem medicine pojavljuju se i nove metode liječenja poput terapije matičnim stanicama ili imunoterapije. Iako su još uvijek u fazi istraživanja, pokazuju velik potencijal za budućnost.